We are searching data for your request:
Upon completion, a link will appear to access the found materials.
لدي بيانات التسلسل (Illumina). ركز إعداد المكتبة على ncRNAs القصيرة. أود التعرف على جزيئات الحمض النووي الريبوزي البشرية. هل تعتقد أنه من الممكن ببساطةانفجارمقابل الإصدار الحالي من mirBase وقم بتصفية الإخراج للحصول على miRNAs الناضجة البشرية دون استخدامربطة عنق / توبهاتضدhg19أول؟
شكرا
لا تحتاج إلى استخدامقبعة عاليةلكن من الأفضل استخدامهاربطة القوسبدلا منانفجار. بادئ ذي بدء ، تحتاج إلى التخلص من تسلسلات المحول (جنبًا إلى جنب مع خطوات المعالجة الأخرى قبل المحاذاة).
الآن هناك جانبان هنا:
- تقدير ميرنا
- اكتشاف ميرنا
الأول بسيط نسبيًا بينما يتطلب الثاني إجراء اختبارات إضافية مثل التنبؤ بحلقات جذعية وما إلى ذلك. هناك برامج منشورة يمكنها التعامل مع كلا الجانبين (mirDeep,miRScanإلخ). راجع هذه المراجعة للحصول على تفاصيل حول مكتشفات الجينات ميرنا المختلفة. لقد استخدمت ميل ويستخدمربطة عنق 1لمحاذاة.
انفجارستنجح ولكن عليك تعيين المعلمات المناسبة للتسلسلات الصغيرة (زيادة حد القيمة E وتقليل حجم الكلمة وما إلى ذلك). وعلاوة على ذلك،انفجارلا يحتوي على خيار قطع لعدد حالات عدم التطابق وطول المحاذاة (يحتوي فقط على عامل تصفية ما بعد المحاذاة لهوية النسبة المئوية).
أنا أيضا أفضل شخصياربطة القوسلأنه يحتوي على شيء يسمىن-وضع المحاذاة. في هذا الوضع ، يتم تقسيم القراءة بأكملها إلىبذرةوغير البذورالمناطق. يمكنك تحديد طول منطقة البذور وقطع عدم التطابق. نظرًا لأن منطقة البذور (القواعد 2-8) بالنسبة إلى miRNAs مهمة لوظيفتها ، فقد قمت عمومًا بتعيينبذرةعدم التطابق إلى الصفر مع السماح بحد أو اثنين من حالات عدم التطابق فيغير البذورالمنطقة (لاحظ ذلك فيربطة القوسالبذرةيبدأ دائمًا في 1).
بشكل عام ، أنصحك بالذهاب إلىميلبدلا منانفجار. لكن،ميللا يؤدي على الفور محاذاة ضد التسلسلات الناضجة. يقوم بتعيين موقع التسلسلات الناضجة في تسلسل ما قبل ميرنا (الحلقات الجذعية) ثم يقوم بمحاذاة القراءات مع تسلسل ما قبل ميرنا. إذا كان موقع القراءات يتداخل بشكل كبير مع المنطقة الناضجة (يمكنك ضبط النافذة) ، فإن القراءة تعتبر ميرنا صالحًا.
