معلومة

ما هي مصادر تعلم المعلوماتية الحيوية للتعلم الذاتي؟

ما هي مصادر تعلم المعلوماتية الحيوية للتعلم الذاتي؟


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

ما هي مصادر تعلم المعلوماتية الحيوية (الكتب والمواقع الإلكترونية / MOOCs)؟ هل يتطلب الأمر معرفة مسبقة بلغة البرمجة لأنني مستجد تمامًا عندما يتعلق الأمر بلغة البرمجة.


من الضروري تقريبًا تعلم لغة مثل بايثون أو بيرل.

قد تلقي نظرة على كورسيرا.

هناك بعض الدورات التي تركز على المعلوماتية الحيوية:

https://www.coursera.org/courses؟query=bioinformatics&languages=ar

جامعة كاليفورنيا سان دييغو لديها سلسلة من دورات المعلوماتية الحيوية ، مع واحدة تبدو مخصصة للمبتدئين في البرمجة:

https://www.coursera.org/course/algobioprogramming

لم ألق نظرة مفصلة على هذا ، لكنني أحببت دوراتهم الأكثر تقدمًا.

في كورسيرا ، غالبًا ما يتم تنظيم الدورات في ما يسمى "التخصصات" التي تمنحك شهادة ولكنها ليست مجانية. ومع ذلك ، يمكنك عادةً التسجيل في الدورات الفردية دون دفع.

أود أيضًا أن أنصح بتعلم كيفية استخدام بيئة سطر أوامر تشبه UNIX وأدوات مثل sed و awk و grep.

قد تكون المواقع التالية مفيدة لهذا:

http://www.grymoire.com/Unix/

http://software-carpentry.org/lessons/

نطاق هذا الأخير أوسع ، والأشياء التي يقومون بتدريسها يمكن أن تكون ذات قيمة إذا كنت ترغب في القيام بالبرمجة العلمية بشكل عام.


مما تقوله لن أبدأ بالتأكيد بتعلم لغة برمجة أو برمجة نصية قد تكون قابلة للتطبيق فقط على أنواع معينة من المشاكل.

سأبدأ بقراءة كتاب تمهيدي عن المعلوماتية الحيوية بنطاق عام واسع. ثم يمكنك معرفة المجال أو المجالات التي تهمك ومعرفة الأدوات (البرمجة أو غير ذلك) التي تحتاج إلى التعرف عليها لحل المشكلات في هذا المجال. (لأنه لكي تتعلم المعلوماتية الحيوية فعليًا عليك حل المشكلات.)

ليس هناك شك في العديد من الكتب المناسبة. الشخص الذي أعرفه عند استخدامه في جامعتي هو "مقدمة في المعلوماتية الحيوية" بقلم آرثر ليسك (أكسفورد) الطبعة الرابعة (2013). ومع ذلك ، فإنه لا يغطي RNAseq ، لذلك ما لم يكن هناك إصدار جديد في خط الأنابيب ، فقد تكون أفضل بشيء أحدث.


8 أفضل دورات المعلوماتية الحيوية وشهادة # 038 [2021 يونيو] [محدث]

قام أكثر من 20 خبيرًا بتجميع قائمة أفضل + دورة مجانية للمعلوماتية الحيوية ، والماجستير ، والتدريب ، والفصول الدراسية ، والشهادة المتاحة عبر الإنترنت لعام 2021. وهي تتضمن موارد مدفوعة ومجانية لمساعدتك على تعلم المعلوماتية الحيوية وهذه الدورات مناسبة للمبتدئين والمتعلمين المتوسطين أيضًا كخبراء.


المعلوماتية الحيوية

ال مصدر الدورة يتضمن إطار التعلم للمعلوماتية الحيوية المدرجة أدناه أهداف وغايات التعلم ذات الصلة بتخصصات العلوم البيولوجية الجامعية. تم تطوير الإطار بواسطة سالي إلجين (جامعة واشنطن ، سانت لويس) مارك باولي (جامعة نبراسكا) آن روزنوالد (جامعة جورج تاون) ولوني ويلش (جامعة أوهايو).

قامت مجموعة عمل من شبكة دمج المعلوماتية الحيوية في تعليم علوم الحياة (NIBLSE) مؤخرًا ، في أبريل 2021 ، بتعيين الكفاءات الأساسية NIBLSE من مقالتهم في PLoS One إلى القائمة الحالية مصدر الدورة إطار عمل المعلوماتية الحيوية. ستكون صفحة دورة المعلوماتية الحيوية المحدثة جنبًا إلى جنب مع إطار العمل الجديد متاحة على الجديد مصدر الدورة موقع الويب في صيف 2021. إطار عمل CourseSource Bioinformatics المحدث متاح حاليًا كمستند Google. تضم مجموعة عمل NIBLSE سالي إلجين (جامعة واشنطن ، سانت لويس) آدم كلاينشميت (جامعة دوبوك) بيل مورغان (كلية ووستر) مارك باولي (جامعة نبراسكا) آن روزنوالد (جامعة جورج تاون) بيل تابريتش (جامعة نبراسكا) إريك تريبليت (جامعة فلوريدا) ولوني ويلش (جامعة أوهايو).


متطلبات القسم العلوي

ملاحظة: يمكن لأي دورة تدريبية أن تلبي متطلبًا رئيسيًا واحدًا فقط

  • هيكل البيانات المتقدم (CSE 100) *
  • تصميم وتحليل الخوارزميات (CSE 101)
  • الكيمياء الحيوية الهيكلية (BIBC 100) أو الكيمياء الحيوية الأيضية (BIBC 102)
  • علم الوراثة (BICD 100)
  • البيولوجيا الجزيئية (BIMM 100) أو الكيمياء الحيوية الجزيئية والخلوية (Chem 114D)
  • تحليل التسلسل الجزيئي (BIMM 181)
  • قواعد البيانات البيولوجية (BIMM 182)
  • التقنيات الجينية التطبيقية (BENG 183)
  • مختبر المعلوماتية الحيوية المتقدم (CSE 185)
  • الاحتمالية والإحصاء (MATH 186)
  • بيولوجيا القسم العلوي اختياري - أكمل على الأقل ثماني وحدات من الدورات الدراسية التي يقدمها قسم العلوم البيولوجية بجامعة كاليفورنيا في سان دييغو (مطلوب ما مجموعه 48 وحدة من الأقسام العليا لإكمال التخصص). & # 160 & # 160
    • يمكن إكمال الوحدات الاختيارية لبيولوجيا القسم العلوي بدورات مرقمة 100-189 مأخوذة من قسم العلوم البيولوجية بجامعة كاليفورنيا في سان دييغو & # 8217s. يوصى & # 160 BIEB 146 و BIMM 172. & # 160 استثناءً ، يمكن تطبيق CSE 180 على المتطلبات الاختيارية الرئيسية. & # 160 يوصى أيضًا بهذه الدورة ، وينصح الطلاب المهتمين بأخذها قبل دورات القسم الأعلى الأخرى.
    • قد تشمل الوحدات الاختيارية ربع BISP 195 ، وحتى أربعة BIxx 194s ، وربع إما BISP 193 أو BISP 196/197/199. قد تشمل الاختيارية أيضًا SIO 121 و 123 و 124 و 125 و 126 و 127 و 128 و 129 و 131 و 132 و 133 و 134 و 138 و 147 و 181 و 189. & # 160 يتعين على الطلاب تلبية متطلبات الإقامة الخاصة بشعبة العلوم البيولوجية.
    • يمكن تطبيق واحد فقط من BISP 196/197/199 على التخصص. & # 160 يمكن تطبيق الأرباع اللاحقة من BISP 195 أو 196 أو 197 أو 199 على متطلبات الكلية والجامعة.

    * تحتوي هذه الدورات على متطلبات أساسية إضافية و / أو متطلبات أساسية غير مطلوبة للتخصص. & # 160 يرجى الاتصال بالقسم المعني للاستعلام عن المتطلبات الأساسية والمتطلبات الأساسية.


    Kallisto [1] هي أداة محاذاة زائفة وتقدير كمي لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) التي أعمل معها يوميًا. يعد منشور المدونة هذا بمثابة توثيق شخصي للأداة: بعض الحدس ونماذج الخلفية وكيفية تشغيلها. تم جمع معظم الملاحظات الواردة في هذا المنشور من مصادر مختلفة عبر الإنترنت و BCB [. ]

    المعلوماتية الحيوية هي مجال متعدد التخصصات يتطلب معرفة في علم الأحياء وعلوم الكمبيوتر والإحصاء والرياضيات. يختلف الأمر من شخص لآخر حول مدى حاجتهم إلى كل أداة من الأدوات ، ولا يوجد شكل وثيق لمقدار ما يجب أن نستعده قبل الدخول في مجال المعلوماتية الحيوية. في منشور المدونة هذا ، سأفعل [. ]


    ما هي المعلوماتية الحيوية؟

    أدى انفجار البيانات من التجارب البيولوجية عالية الإنتاجية مثل التسلسل والمصفوفات الدقيقة إلى علم يسمى المعلوماتية الحيوية. المعلوماتية الحيوية هي علم متعدد التخصصات يشبه علم البيانات لحل المشكلات البيولوجية.

    وفقًا لـ Wikipedia ، فإن "المعلوماتية الحيوية هي علم متعدد التخصصات ، ويهدف في النهاية إلى فهم علم الأحياء".

    المعلوماتية الحيوية هو مجال متعدد التخصصات يطور ويطبق طرقًا حسابية لتحليل مجموعات كبيرة من البيانات البيولوجية ، مثل التسلسلات الجينية أو مجموعات الخلايا أو عينات البروتين ، لعمل تنبؤات جديدة أو اكتشاف بيولوجيا جديدة. تشمل الطرق الحسابية المستخدمة الطرق التحليلية والنمذجة والمحاكاة الرياضية.

    يمكن تقسيم جسم الإنسان إلى آلة صغيرة من الخلايا تشارك في العمليات المعقدة. يتم التحكم في هذه الخلايا بواسطة وحدة المعالجة المركزية المسماة DNA (De-Oxyribo Nucleic Acid). يمكن أن يكشف فهم الحمض النووي عن الكثير عن الكائن الحي وكذلك عن فرص الإصابة بالأمراض في المستقبل. أنتجت التقنيات الحالية بما في ذلك NGS (تسلسل الجيل التالي) كمية كبيرة من البيانات. يجب تنظيم هذه البيانات الضخمة (الجينوم والنسخة والبروتيوم والأيض) في قواعد بيانات ويجب تحليلها. تُستخدم نتائج تحليل هذه البيانات الكبيرة (المسماة بالبيانات الكبيرة) في الرعاية الصحية والطب الوقائي واكتشاف الأدوية.

    أدى تطبيق التعلم الآلي في المعلوماتية الحيوية إلى ظهور الكثير من التطبيقات من التنبؤ بالأمراض والتشخيص وتحليل البقاء على قيد الحياة. لقد تغير علم البيانات كثيرًا في المعلوماتية الحيوية من تقليل الأبعاد لمجموعات البيانات الكبيرة إلى تصور البيانات.

    تعلم الآلة في علم الأحياء

    تتوفر حاليًا قائمة كبيرة من أدوات وبرامج المعلوماتية الحيوية التي تعتمد على التعلم الآلي. توأم المعلوماتية الحيوية ، ودعا علم الأحياء الحسابي ظهرت إلى حد كبير في تطوير البرامج والتطبيقات باستخدام تقنيات التعلم الآلي والتعلم العميق لتحليل بيانات الصور البيولوجية. تم مؤخرًا عرض مكتبة Google Deep Learning المسماة TensorFlow كيف يمكن استخدامها في علم الأحياء الحسابي. يحتاج تطبيق التعلم الآلي والتعلم العميق في علم الأحياء إلى مزيد من الاستكشاف لبناء أنظمة الذكاء الاصطناعي التي يمكن استخدامها لتشخيص الأمراض والتنبؤ بها.

    وفقًا لـ Science Daily News ، يتحول عالم الأحياء بشكل متزايد إلى عالم بيانات كعالم بيانات معلوماتية حيوية أو عالم بيانات جينومية. يتزايد سوق المعلوماتية الحيوية والاحتياجات المهنية في مجال المعلوماتية الحيوية كل عام. من المتوقع أنه في المستقبل القريب ، ستكون هناك حاجة كبيرة للأشخاص الذين لديهم مهارات المعلوماتية الحيوية.

    هذا فيديو لماريا ناتستاد حول "ما هي المعلوماتية الحيوية؟" حيث تشرح أوجه التشابه بين المعلوماتية الحيوية وعلوم البيانات. كما تشرح الطرق الثلاثة في المعلوماتية الحيوية.

    أصبحت المعلوماتية الحيوية علمًا أساسيًا متعدد التخصصات لعلوم الحياة والعلوم الطبية الحيوية. ومع ذلك ، هناك طلب كبير على التعليم والتدريب في مجال المعلوماتية الحيوية. أعتقد أن دورات MOOC المقدمة من edX و Coursera و Udacity ستساعد الأشخاص على إنشاء أسس في هذا المجال.


    المربع 1. ما هو علم البيانات؟ نموذج 4 + 1.

    ضمن مدرستنا لعلوم البيانات ، فكرنا كثيرًا في هذا السؤال [3] ، مع التركيز ليس كثيرًا على التعريف نفسه ، ولكن بدلاً من ذلك على كيفية تجسيد معنى وثقافة هذا التعريف في جميع جوانب التدريس ، البحث ، وخدمة المجتمع. على هذا النحو ، وصلنا إلى نموذج 4 + 1 لعلوم البيانات.

    يشير الرقم "4" إلى الأنظمة والتصميم والتحليل والقيمة ، بينما يشير الرقم "1" إلى جميع التخصصات / المجالات التي يتم تطبيق هذه الأساسيات عليها. المعلوماتية الحيوية هي واحدة فقط من العديد من التخصصات / المجالات.

    كل واحد من "4" يبرز تأثير "1" من خلال البيانات والأساليب والبروتوكولات والثقافة وما إلى ذلك من تلك المجالات. بالتآزر ، "4" ثم تؤثر على "1." ثلاثة أمثلة على هذا التآزر تشمل تأثير البيانات البيئية المتاحة على علم التخلق ، وتأثير شبكات التواصل الاجتماعي على فهمنا للشبكات البيولوجية ، والتقدم في استخدام معالجة اللغة الطبيعية في العلوم الإنسانية الرقمية التي تؤثر على التطورات في التكوين الحيوي من الأدبيات.

    تتضمن الأنظمة الحوسبة عالية الأداء ، والبيئات السحابية ، وأنظمة الإنتاجية العالية ، وأنظمة سير العمل ، وتحليلات قياس الأداء ، والأمن السيبراني ، وما شابه ، وكلها مضبوطة وفقًا لاحتياجات البيانات الضخمة.

    يتعلق التصميم بالعلاقة بين البيانات وأجهزة الكمبيوتر والبشر في جميع مراحل دورة حياة البيانات ، من الابتلاع إلى التصور وأشكال النشر الأخرى.

    التحليل ، الذي يُنظر إليه عن طريق الخطأ على أنه كل علم البيانات ، هو جزء واحد مهم فقط ويتضمن تقنيات تسعى إلى كل من السببية والتنبؤ مثل التعلم العميق واستخراج البيانات ومعالجة اللغة الطبيعية.

    تشير القيمة ، في أقصى حدودها ، إلى التوتر بين القيمة التي يجلبها التحليل مقابل النتائج السلبية غير المقصودة التي يمكن أن تنتج وكيفية تحقيق التوازن الصحيح.


    موارد التعليم والتدريب

    قدمت المؤسسات التعليمية المدرجة أدناه معلومات عن الدورات التدريبية عبر الإنترنت المتعلقة بالمعلوماتية الحيوية. لنشر دورة عبر الإنترنت تقدمها مؤسستك ، يرجى استخدام هذا النموذج.

    ** لفرز هذه القائمة حسب تركيز المقرر الدراسي أو عنوان الدورة التدريبية أو الجامعة / المؤسسة ، يرجى النقر فوق رأس العمود.

    ركز عنوان الدورة الجامعة / المؤسسة KeyInfo الأهداف
    علم الأحياء الحسابي SysMIC جامعة كلية لندن SysMIC هي دورة عبر الإنترنت في الترميز والنمذجة وتحليل البيانات للباحثين في العلوم الحيوية. & ltbr / & gt & ltbr / & gt تتضمن الوحدة الوصول إلى مجموعة شاملة من الموارد بما في ذلك الكتب المدرسية والمهام والندوات عبر الإنترنت ومسابقات الاختبار الذاتي ، مع مدرسين مخصصين للوحدات تقديم الدعم الفردي من خلال المنتديات عبر الإنترنت. & ltbr / & gt & ltbr / & gt سيصبح المشاركون واثقين في استخدام منصات Python و R و MATLAB ، وتطوير المهارات متعددة التخصصات التي ستجعلهم باحثين أكثر فاعلية مع الثقة لتطوير وتطبيق التقنيات الحسابية في النمذجة والبيانات تحليل لعملهم. & ltbr / & gt & ltbr / & gt تم تصميم موادنا بواسطة علماء الأحياء ، لعلماء الأحياء وتركز على التطبيقات البيولوجية ، والأساليب العملية التي تتيح للمشاركين تطوير مهارات الترميز والتحليل أثناء العمل في سياقات مألوفة. & ltbr / & gt & ltbr / & GT. تحتوي الوحدة النمطية على تنسيق مرن تمامًا. نوصي 5 ساعات من الدراسة في الأسبوع على مدى 6 أشهر ، والتي ثبت أنها تتناسب بشكل جيد مع عبء العمل المتفاوت للالتزامات البحثية ، مما يتيح للمشاركين فرصة الدراسة في الوقت والوتيرة التي تناسبهم. & ltbr / & gt & ltbr / & gt نحن دورة راسخة ومعترف بها. نرحب كل عام بأكثر من 300 مشارك من جميع أنحاء مجتمع الأبحاث في المملكة المتحدة الذين يأتون من مجموعة واسعة من الخلفيات الأكاديمية (والصناعية) ، وقد تمت الموافقة على الوحدة من قبل مخطط نقاط CPD للجمعية الملكية لعلم الأحياء. & ltbr / & gt & ltbr / & gt Module 1 يتم التسجيل مرتين سنويًا في أبريل ونوفمبر. أسعار مخفضة متاحة لطلاب الدكتوراه والحجوزات الجماعية. & ltbr / & gt & ltbr / & gt لتقديم طلب للحصول على مكان أو للحصول على مزيد من المعلومات ، يرجى الاتصال بنا على: [email protected] يوفر موقع Sysmic.ac.uk دورة تدريبية شاملة عبر الإنترنت في المهارات متعددة التخصصات التي تزداد أهمية لأحدث الأبحاث البيولوجية.
    أخرى: هناك مجالان للتركيز ، أحدهما في الهندسة الجزيئية الحيوية ب. الهندسة الجزيئية الحيوية والمعلوماتية الحيوية جامعة كاليفورنيا ، سانتا كروز يحتوي البرنامج على تركيزين: أحدهما على الهندسة الجزيئية الحيوية ، و ltbr / & gt الذي يركز على عمل المعمل الرطب باستخدام المعلومات الحيوية للمستخدم النهائي وبرمجة & ltbr / & gt والآخر على المعلوماتية الحيوية ، والتي تركز على العمل الحسابي & ltbr / & gt. يتطلب كلا التركيزين كلاً من الكيمياء الحيوية والبرمجة. & ltbr / & gt & ltbr / & gt لتركيز المعلوماتية الحيوية ، نؤكد على بناء أدوات جديدة ، & ltbr / & gt أكثر من استخدام الأدوات الموجودة. نحن نستخدم النمذجة العشوائية والتعلم الآلي و ltbr / & gt على نطاق واسع. السنة الأخيرة من تركيز المعلوماتية الحيوية و ltbr / & gt تكاد تكون مماثلة للسنة الأولى من برنامجنا للدراسات العليا & ltbr / & gt. & ltbr / & gt & ltbr / & gt. والخلايا الجذعية وهندسة البروتين و ltbr / و gt واكتشاف الجينات والعديد من الموضوعات الأخرى. لمنح الطلاب خلفية واسعة جدًا لإعدادهم لتعليم الخريجين و ltbr / & gt في المعلوماتية الحيوية أو الهندسة الجزيئية الحيوية. الطلاب مستعدون جيدًا & ltbr / & gt أيضًا للوظائف في صناعة التكنولوجيا الحيوية.
    المعلوماتية الحيوية مهارات بايثون للتعامل مع البيانات البيولوجية معهد أوغندا لأبحاث الفيروسات مقدمة لمفاهيم برمجة Python & amp ؛ AMPLTBR / & ampgt & ltbr / & gt تحديات كود تحليل البيانات البيولوجية تزويد العلماء والطلاب والمتدربين في تخصصات المعلوماتية الحيوية والبيولوجيا الحاسوبية بمهارات برمجة Python للتعامل مع البيانات البيولوجية
    المعلوماتية الحيوية التحليل الإحصائي في المعلوماتية الحيوية نظام جامعة ماريلاند يتم تدريس هذه الدورة عبر الإنترنت من خلال منصة edX. في هذه الدورة ، وهي جزء من برنامج Bioinformatics MicroMasters ، ستتعرف على لغة R والبيئة وكيفية استخدامها لإجراء تحليلات إحصائية على مجموعات البيانات البيولوجية الكبيرة. البرمجة الأساسية R. تطبيق الحزم في بيئة R لتحديد التغييرات في التعبير الجيني. تطبيق حزم في بيئة R لتحديد موقع الجينات في تسلسل جينومي كامل.
    المعلوماتية الحيوية البروتينات: المحاذاة والتحليل والبنية نظام جامعة ماريلاند يتم تقديم هذه الدورة التدريبية عبر الإنترنت عبر منصة edX. في هذه الدورة ، وهي جزء من برنامج Bioinformatics MicroMasters ، ستتعرف على بنية البروتين وتأثيرها على الوظيفة ، وتتدرب على محاذاة تسلسل البروتين لاكتشاف الاختلافات ، وإنشاء هياكل نموذجية للبروتينات باستخدام الأساليب القائمة على الويب والبرامج. تحليل البيانات البيولوجية الكبيرة. كيفية محاذاة تسلسل البروتين لاكتشاف الاختلافات وتحديد البنية. إنشاء هياكل نموذجية لبروتينات غير معروفة
    المعلوماتية الحيوية تسلسل الحمض النووي: المحاذاة والتحليل نظام جامعة ماريلاند يتم تقديم هذه الدورة التدريبية عبر الإنترنت عبر منصة edX. سوف تتعلم عن النظرية والخوارزميات الكامنة وراء محاذاة الحمض النووي ، وتتدرب على إجراء المحاذاة يدويًا ، ثم تقوم بإجراء محاذاة أكثر تعقيدًا باستخدام أساليب الويب والبرامج القائمة. تجميع وتحليل البيانات البيولوجية الضخمة. النظرية الكامنة وراء خوارزميات المحاذاة وكيفية عملها. افحص الأدوار التي تلعبها الطفرات في العمليات الخلوية
    الرياضيات / الإحصاء تحليل البيانات لسلسلة علوم الحياة هارفارد إكس مقدمة في المفاهيم الإحصائية الأساسية ومهارات البرمجة R اللازمة لتحليل البيانات في علوم الحياة. سوف نتعلم أساسيات الاستدلال الإحصائي من أجل فهم وحساب قيم p وفواصل الثقة. سنقدم أمثلة عن طريق البرمجة في R بطريقة تساعد في الربط بين المفاهيم والتنفيذ. سيتم استخدام مجموعات المشكلات التي تتطلب برمجة R لاختبار الفهم والقدرة على تنفيذ تحليلات البيانات الأساسية. سنستخدم تقنيات التصور لاستكشاف مجموعات بيانات جديدة وتحديد النهج الأنسب. سنصف التقنيات الإحصائية القوية كبديل عندما لا تتناسب البيانات مع الافتراضات التي تتطلبها الأساليب القياسية. سنقدم أيضًا أساسيات استخدام البرامج النصية R لإجراء بحث قابل للتكرار. تم دعم هذه الفئة جزئيًا من خلال منح المعاهد الوطنية للصحة R25GM114818. الموضوعات: التوزيعات الاستدلال على تحليل البيانات الاستكشافية الإحصاءات غير المعيارية تشكل هذه الدورات 2 XSeries وهي ذاتية السرعة: PH525.1x: الإحصاء و R لعلوم الحياة PH525.2x: مقدمة إلى النماذج الخطية وجبر المصفوفة PH525.3x: الإحصاء الاستدلال والنمذجة للتجارب عالية الإنتاجية PH525.4x: تحليل البيانات عالية الأبعاد PH525.5x: مقدمة في الموصل الحيوي: شرح وتحليل الجينومات والمقايسات الجينومية PH525.6x: الحوسبة عالية الأداء لعلم الجينوم القابل للتكاثر PH525.7x: دراسات الحالة في الجينوميات الوظيفية
    المعلوماتية الحيوية دورات ArrayGen Technologies عبر الإنترنت / دون الاتصال بالإنترنت تقنيات ArrayGen يقدم ArrayGen الدورات التدريبية التالية في علم الجينوم والمعلوماتية الحيوية مع التركيز على تحسين التطبيقات العملية للمشاركين ، باستخدام المعرفة النظرية المناسبة: المعلوماتية الحيوية (فهم علم الجينوم) تحليل بيانات المصفوفة الدقيقة تسلسل الجيل التالي (NGS) جينوم De novo وتجميع النسخ Chip-Seq Data التحليل RNA-Seq Data Analysis miRNA Data Analysis Metagenomic Data Analysis MethylSeq (DNA Methylation) Data Analysis Genome Variant Data Analysis الأهداف لخلق وعي فيما يتعلق بالأدوات والتقنيات الأساسية المستخدمة في المعلوماتية الحيوية على المستوى الصناعي لتوفير التدريب العملي الكامل على الأدوات والتقنيات الأساسية لإلهام وتحفيز جميع علوم الحياة لتطبيق هذه التقنيات في برامجهم البحثية
    المعلوماتية الحيوية علم الأحياء يلتقي بالبرمجة: المعلوماتية الحيوية للمبتدئين جامعة كاليفورنيا ، سان دييغو هل أنت مهتم بتعلم كيفية البرمجة (في بايثون) ضمن بيئة علمية؟ ستغطي هذه الدورة الخوارزميات لحل المشكلات البيولوجية المختلفة جنبًا إلى جنب مع عدد قليل من تحديات البرمجة التي تساعدك على تنفيذ هذه الخوارزميات في بايثون. إنه يقدم بديلاً أسهل وتيرة للدورة الأولى في تخصص المعلومات الحيوية لدينا (https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics). سيتألف كل أسبوع من الأسابيع الأربعة في الدورة من عنصرين مطلوبين. أولاً ، يوفر الكتاب المدرسي التفاعلي تحديات برمجة بايثون التي تنشأ من مشاكل بيولوجية حقيقية. إذا لم تكن قد برمجت في Python من قبل ، فلا داعي للقلق! نحن نقدم تمارين "Just-in-Time" من مسار Codecademy Python (https://www.codecademy.com/learn/python). ولكل صفحة في كتابنا التفاعلي منتدى مناقشة خاص بها ، حيث يمكنك التفاعل مع المتعلمين الآخرين. ثانيًا ، سيتوج كل أسبوع باختبار موجز. يتم أيضًا توفير مقاطع فيديو المحاضرات المصاحبة للمادة.
    المعلوماتية الحيوية تخصص المعلوماتية الحيوية على كورسيرا جامعة كاليفورنيا سان دييغو كيف نتسلسل الجينوم ونقارنه؟ كيف نحدد الأساس الجيني للمرض؟ عندما تكمل هذا التخصص ، ستتعلم كيفية الإجابة على العديد من الأسئلة مثل هذه في علم الأحياء الحديث. في هذه العملية ، ستتعرف على الخوارزميات وأدوات البرامج التي يطبقها الآلاف من علماء الأحياء في العمل كل يوم في أحد أسرع المجالات نموًا في العلوم. الرفيق المطبوع لتخصص المعلوماتية الحيوية ، خوارزميات المعلوماتية الحيوية: نهج التعلم النشط ، متاح من موقع الكتب المدرسية (http://bioinformaticsalgorithms.com) ، والذي يحتوي على مواد تعليمية إضافية ، بما في ذلك مقاطع فيديو المحاضرات والشرائح.
    المعلوماتية الحيوية خوارزميات لتسلسل الحمض النووي جامعة جونز هوبكنز يتم تقديم هذه الدورة التدريبية عبر الإنترنت على منصة Coursera MOOC. وهو يتألف من: (أ) حوالي ساعة واحدة من المحاضرات في الأسبوع من قبل البروفيسور لانجميد ، (ب) حوالي ساعة واحدة من المحاضرات العملية في الأسبوع من قبل البروفيسور لانجميد وجاكوب بريت ، (ج) واجب منزلي واحد متعدد الاختيارات لكل وحدة ، ( د) واجب منزلي واحد قائم على البرمجة لكل وحدة و (هـ) بعض المحاضرات الاختيارية التي تغطي مجموعة أوسع من أفكار البحث. أصبح تسلسل الحمض النووي الآن أداة منتشرة في كل مكان في علوم الحياة. يمكنك ملاحظة هذا الاتجاه بمجرد قراءة الأخبار. يبحث هذا المقرر الدراسي في المشكلات الحسابية التي تأتي مع هجمة بيانات تسلسل الحمض النووي. كيف نأخذ مجموعة ضخمة من "قطع ألغاز" الحمض النووي ونجمعها في جينوم؟ كيف نجعل العثور على "إبرة" DNA في "كومة قش" جينية هائلة أمرًا سريعًا وسهلاً؟ سنقضي الجزء الأكبر من الدورة في فهم الخوارزميات وهياكل البيانات التي تكمن وراء أدوات البرمجيات لتحليل بيانات التسلسل. تعد الدورة أيضًا فرصة لممارسة مهارات البرمجة واكتساب التعرف على الخوارزميات الأساسية وهياكل البيانات.
    الرياضيات / الإحصاء الشبكات والأنظمة جامعة شرق ولاية تينيسي الدورة مخصصة لأولئك الحاصلين على درجات علمية في الرياضيات وعلم الأحياء وعلوم الكمبيوتر والإحصاء والمجالات العلمية الأخرى ذات الصلة المهتمين بنمذجة التعقيد البيولوجي. إنه جزء من شهادة 5 دورات يتم تقديمها عبر الإنترنت بالكامل. تشمل الموضوعات الشبكات المعقدة والمركزية والقياسات العالمية والنماذج العشوائية والتطبيقات في بيولوجيا الأنظمة. سيغطي النصف الأول من الدورة الصياغة الرياضية للشبكات بينما سيخصص النصف الثاني للتطبيقات بما في ذلك دراسة شبكات البيولوجيا الجزيئية.
    المعلوماتية الحيوية تحليل التسلسل المتقدم جامعة مانشستر تعد دورة المعلوماتية الحيوية المتقدمة هذه مناسبة لأولئك الحاصلين على درجة أولى في العلوم البيولوجية أو في علوم الكمبيوتر. ويغطي أحدث الطرق لتحليل التسلسل البيولوجي. يمكن اعتبارها دورة قصيرة فردية ، للتطوير المهني ، ويمكن دمجها مع واحدة من أكثر من وحدات من موضوعنا في بيولوجيا الأنظمة الحاسوبية: - المعلوماتية الحيوية لبيولوجيا الأنظمة الرياضيات للنمذجة الأيضية. يمكن للطالب الذي أكمل أربع وحدات بنجاح التخرج بشهادة دراسات عليا. سيُطلب من الأشخاص الذين يرغبون في إكمال درجة الماجستير إكمال ست وحدات ومشروع بحثي بنجاح. تقدم الدورة مقدمة للبيانات والأساليب الخاصة بالمشاريع التي تتطلب تحليل بيانات تسلسل الجيل التالي. سيغطي: الجينات والجينوم وتقنيات تسلسل الجينوم للتسلسل عالي الإنتاجية فهم تعيين البيانات إلى تسلسل الجينوم RNA-seq: القياس الكمي والتعبير التفاضلي ChIP-seq. للعمل العملي ، سيكون لدى الطلاب حسابات على خادم Galaxy الخاص بنا.
    الرياضيات / الإحصاء الرياضيات للنمذجة الأيضية جامعة مانشستر يتم تقديم الدورة باستخدام بيئة تعليمية افتراضية تسمى Moodle. يتيح لك ذلك التنقل والبحث من خلال ملاحظات الدورة التدريبية والبروتوكولات والتطبيقات العملية والمراجع إلى النصوص وعناوين URL المفيدة. توفر ملاحظات الدورة التدريبية معلومات أساسية ، مثل صفحات الويب. ثم يتم التركيز في التدريس والتعلم على التدريبات الفردية والجماعية التي يدعمها المعلم. يهدف هذا المقرر الدراسي إلى التأكد من أن الطالب الناجح لديه فهم للمفاهيم والتقنيات الرياضية الأساسية المستخدمة في النمذجة الرياضية للأنظمة البيولوجية قادرة على التعبير بمصطلحات رياضية عن تمثيلات بسيطة للنظام البيولوجي ، والتلاعب وتطوير التقريبات المبسطة لتلك التمثيلات بالترتيب لاكتساب نظرة ثاقبة على سلوك النموذج الرياضي ، وبالتالي فإن النظام البيولوجي الحقيقي لديه فهم أساسي لكيفية استنتاج المعلمات داخل النموذج الرياضي أو تركيبها على البيانات التجريبية ، والقضايا الأساسية ومخاطر ملاءمة النموذج. وهي مصممة لإعداد المشاركين لدورة النمذجة الأساسية في "المحاكاة الحاسوبية وتحليل الشبكات البيوكيميائية".
    علم الأحياء الحسابي المعلوماتية الحيوية لبيولوجيا النظم جامعة مانشستر يتم تقديم الدورة باستخدام بيئة تعليمية افتراضية تسمى Moodle. يتيح لك ذلك التنقل والبحث من خلال ملاحظات الدورة التدريبية والبروتوكولات والتطبيقات العملية والمراجع إلى النصوص وعناوين URL المفيدة. توفر ملاحظات الدورة التدريبية معلومات أساسية ، مثل صفحات الويب. ثم يتم التركيز في التدريس والتعلم على التدريبات الفردية والجماعية التي يدعمها المعلم. في هذه الدورة ، يناقش المشاركون مشكلة البرنامج التعليمي لكل قسم من أقسام الدورة ، ثم يقدمون الحلول للتغذية الراجعة من مدرس الدورة تم تصميم هذه الدورة كمقدمة لنمذجة بيولوجيا الأنظمة. وهي تغطي مجموعة من الأنواع المختلفة من البيانات المتاحة الآن لبناء النموذج. الأقسام هي: * استخدام النماذج في علم الأحياء * المسار العام وقواعد بيانات التفاعل * إعادة بناء الشبكات البيولوجية من البيانات التجريبية * إحصائيات الشبكة * تحليل وتفسير البيانات التجريبية في سياق الشبكات البيولوجية * مواضيع متقدمة (اختياري). يمكن أن تؤخذ الدورة على أنها دورة فردية قصيرة ، للتطوير المهني ، أو يمكن الاعتماد على الاعتمادات في أحد برامج الماجستير لدينا.
    المعلوماتية الحيوية المعلوماتية الحيوية لعلم النسخ جامعة مانشستر يتم تقديم الدورة باستخدام بيئة تعليمية افتراضية تسمى Moodle. يتيح لك ذلك التنقل والبحث من خلال ملاحظات الدورة التدريبية والبروتوكولات والتطبيقات العملية والمراجع إلى النصوص وعناوين URL المفيدة. توفر ملاحظات الدورة التدريبية معلومات أساسية ، مثل صفحات الويب. ثم يتم التركيز في التدريس والتعلم على التدريبات الفردية والجماعية التي يدعمها المعلم. في هذه الدورة ، يناقش المشاركون مشكلة البرنامج التعليمي لكل قسم من أقسام الدورة ، ثم يقدمون الحلول للتغذية الراجعة من مدرس الدورة. تجلب الأساليب الجديدة لعلم النسخ تحديات جديدة في المعلوماتية الحيوية. تغطي هذه الدورة تحليل بيانات المصفوفات الدقيقة بعمق ، وتقدم أيضًا المجالات التي تتطلب عملًا جديدًا لتحليل تسلسل الجيل التالي (RNA-seq). الأقسام هي: * المصفوفات الدقيقة والتصميم التجريبي * التقاط البيانات والفحوصات الأولية * تحليل بيانات المصفوفة الدقيقة * طرق أخرى لالتقاط بيانات النسخ * اختبارات فئة الجينات يمكن أن تؤخذ الدورة كدورة تدريبية فردية قصيرة للتطوير المهني أو يمكن حساب الاعتمادات نحو أحد برامج الماجستير لدينا.

    الجمعية الدولية لعلم الأحياء الحسابي
    525-K East Market Street، RM 330
    ليسبورغ ، فيرجينيا ، الولايات المتحدة الأمريكية 20176


    هل أحتاج إلى تعلم لغات برمجة متعددة؟

    هناك العديد من اللغات للاختيار من بينها ، ولكل منها نقاط القوة والتطبيقات الخاصة بها. هل يجب أن تتعلمهم جميعًا؟ أم يجب أن تتعلم واحدة فقط ، ثم تستخدمها بعناد لحل كل مشكلة؟

    يكمن الحل العملي بين هذين الطرفين. قبل الانضمام إلى مختبر المعلوماتية الحيوية ، اشتريت كتبًا عن Python و PERL ، وهما لغتان للأغراض العامة كنت أعرف أنهما شائعتان بين علماء الأحياء الحاسوبية. عندما وصلت إلى المختبر ، كان كل شخص يقوم بهذا النوع من العمل الذي أردت القيام به هو استخدام لغة R ، وهي لغة بها مكتبة ضخمة من "حزم" البرامج المتعلقة بالبيولوجيا ، وهي شذرات من التعليمات البرمجية المكتوبة مسبقًا والتي قامت بأشياء مفيدة. جلست كتب Python و PERL على مكتبي.

    أفضل لغة للتعلم هي تلك التي يستخدمها الخبراء من حولك. الخبر السار هو أن تعلم لغة ما يجعل من السهل الحصول على ما تحتاجه بلغة أخرى (انظر "الموارد").


    نص S1.

    أمثلة للمناهج النموذجية. نقدم هنا أمثلة على منهج دراسي لنوعين من الدورات لطلاب المدارس الثانوية. الأول هو أن تدمج أنشطة المعلوماتية الحيوية في دورة تمهيدية في علم الأحياء. والثاني هو دورة "نماذج للأمراض" ويتم تقديمه لطلاب المستوى المعجل / مع مرتبة الشرف بعد الانتهاء من الدورة الأولى في علم الأحياء.

    نص S2.

    مشروع مصطلح مثال لفئة "نماذج المرض". بالنسبة لدورة "نموذج المرض" ، يُطلب من الطلاب إكمال مشروع مصطلح يستخدم أدوات المعلوماتية الحيوية لدراسة المرض. نقدم هنا عرضًا تقديميًا كمثال قدمه طالب بناءً على مشروع الفصل الدراسي.

    نص S3.

    نصائح لتطوير المناهج. تم تقديم المواد المقدمة هنا أيضًا كجزء من برنامج تعليمي "تدريس المعلوماتية الحيوية في دورات علم الأحياء بالمدارس الثانوية" الذي عقد في الاجتماع السنوي للجمعية الدولية لعلم الأحياء الحاسوبية (ISMB) الذي عقد في بوسطن ، ماساتشوستس ، في يوليو 2010.


    شاهد الفيديو: مسار تعلم المعلوماتيه الحيويه من الصفر للإحتراف. معلوماتيه حيويه. Bioinformatics (يوليو 2022).


تعليقات:

  1. Rashid

    انا أنضم. يحدث ذلك. دعونا نناقش هذه المسألة.

  2. Burcet

    أهنئ يبدو لي أن هذه هي الفكرة الرائعة

  3. Dunris

    أنصحك بالاطلاع على الموقع الذي يحتوي على عدد كبير من المقالات حول الموضوع الذي يثير اهتمامك.

  4. Huon

    هذه ببساطة رسالة رائعة

  5. Jermain

    كنت سأصافح المؤلف بازدراء ، ولحسن الحظ ، فإن مدونته معجزة.

  6. Jedidiah

    مقعدي على اليسار وعلي أن أجلس هناك ... مهلا ، مكبر صوت ، هل تهدأ وتفكر حقًا في رأسك :)



اكتب رسالة