معلومة

موثوقية اختبارات SARS-CoV-2 - السلبيات الكاذبة

موثوقية اختبارات SARS-CoV-2 - السلبيات الكاذبة


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

يتعلق الأمر بالعملية بأكملها بدءًا من جمع العينات مرورًا بالنقل إلى المعالجة المخبرية والتقييم. في كندا ، نشهد أن نتيجة اختبار COVID-19 واحدة من بين كل 10 اختبارات إيجابية. هل يمكننا أن نكون على ثقة من أن عدد السلبيات الخاطئة لا يكاد يذكر؟ كانت هناك تقارير عن مشكلات يحتمل حدوثها في كل خطوة والتي يمكن أن تؤدي إلى نتيجة سلبية خاطئة ، من فشل جمع العينة إلى تدهور العينة أثناء النقل ، وربما مشكلات المعالجة أو الكاشف في المختبر.

أيضًا ، هل هناك أي احتمال لتحور الفيروس بطريقة تجعله من COVID-19 من وجهة نظر الصحة العامة يظل كما هو ولكن تتغير هويته الجينية بدرجة كافية بحيث لا يتم التعرف عليها من خلال الاختبارات الحالية؟

هل عملية الاختبار من البداية إلى النهاية موثوقة بدرجة كافية بحيث يمكننا الوثوق بالنتيجة المبلغ عنها سواء كانت إيجابية أو سلبية؟


أيضًا ، هل هناك أي احتمال لتحور الفيروس بطريقة تجعله من COVID-19 من وجهة نظر الصحة العامة يظل كما هو ولكن تتغير هويته الجينية بدرجة كافية بحيث لا يتم التعرف عليها من خلال الاختبارات الحالية؟

هذا غير محتمل. تبحث هذه المقايسات عن عدة مناطق محددة من الجينوم الفيروسي تحت ضغط اختيار مرتفع (أي محفوظ بدرجة عالية) لإجراء التشخيص السريري (مثل orf1ab، الجينات N و S ، المرجع. https://www.thermofisher.com/us/en/home/clinical/clinical-genomics/pathogen-detection-solutions/coronavirus-2019-ncov/genetic-analysis/taqpath-rt-pcr-covid-19-kit. html و https://www.fda.gov/media/136286/download للحصول على أمثلة) ، بهدف تقليل خطأ الاختبار من التأثيرات غير المستهدفة (أنواع الطفرات الجينية ، المرجع https: //en.m.wikipedia .org / wiki / Off-target_genome_editing) والتعرف الخاطئ على فيروسات الجهاز التنفسي الأخرى.

لا يمكنني التحدث عن الأسئلة الأخرى في سؤالك بمعدلات الخطأ العددي للاختبارات ، باستثناء القول إن الضوابط والإجراءات وأفضل بادئات PCR يمكن استخدامها لزيادة الحساسية ، للحصول على نتيجة إيجابية حقيقية (المرجع https: // en.m.wikipedia.org/wiki/Sensitivity_and_specificity). تعد الحساسية مشكلة حقيقية لمجموعات الاختبار في روسيا ، حيث يجب أن يكون لدى المرء أعداد فيروسية عالية (ومن المحتمل أن يكون مريضًا جدًا) من أجل إجراء اختبار يعطي تشخيصًا إيجابيًا (المرجع: https://abcnews.go.com/International/ Russia-Reporting-covid-19-cases-cover / story؟ id = 69717763)

وفقًا لـ PCR News ، يعتمد الاختبار الروسي على نفس الطريقة التي تستخدمها الدول الأخرى.

وكتبت أخبار PCR أن الاختبار الروسي يكتشف الفيروس فقط عندما يكون هناك أكثر من 100000 نسخة منه لكل مليلتر في العينة. هذا أكثر بكثير مما كان عليه في اختبارات البلدان الأخرى. اختبار قيد الاستخدام في الولايات المتحدة ، على سبيل المثال ، سوف يلتقط الفيروس بـ 6250 نسخة فقط.

قالت كارمن وايلي ، رئيسة الجمعية الأمريكية للكيمياء السريرية ، لشبكة ABC News عبر الهاتف: "هذا يعني أنها أقل حساسية بنحو 10 إلى 16 مرة مما هو متاح في الولايات المتحدة". وقالت إنه في مثل هذا المستوى ، كان هناك خطر من أن الروس فقدوا حالات ، لا سيما عندما يكون الناس بدون أعراض.

من وجهة نظر الصحة العامة ، أظن أن تشخيص المرضى أقل فائدة من تشخيص حاملي المرض الذين لا تظهر عليهم أعراض والذين يشعرون بأنهم بخير ولكنهم ينشرون الفيروس في كل مكان. تريد اختبارًا يتيح لك إخبار الأشخاص الإيجابيين بسرعة بالحجر الذاتي قبل نشره.


أداء اختبار قائم على المستضد لاختبار SARS-CoV-2 بدون أعراض وأعراض في حرمين جامعيين - ويسكونسن ، سبتمبر - أكتوبر 2020

إيان دبليو براي ، دكتوراه 1 ، 2 ، 3 ، * لورا فورد ، دكتوراه 1 ، 2 ، * ديفلين كول ، دكتوراه في الطب 3 ، 4 كريستين لي ، دكتوراه 1 ، 5 جون بول بيجويت ، دكتوراه 1 ، 2 جلين آر عبيدي ، MPH 1 Dena Bushman، MSN، MPH 1، 2 Miranda J. Delahoy، PhD 1، 2 Dustin Currie، PhD 1، 2 Blake Cherney، MS 1 Marie Kirby، PhD 1 Geroncio Fajardo، MD 1 Motria Caudill، PhD 1، 6 Kimberly Langolf MS 7 Juliana Kahrs، MS 7 Patrick Kelly، MD 4، 8 Collin Pitts، MD 4، 8 Ailam Lim، PhD 9 نيكول أوليك ، دكتوراه 9 أزيبي تامين ، دكتوراه 1 جينيفر إل هاركورت ، دكتوراه 1 كريستا كوين ، دكتوراه 1 جينغ Zhang، PhD 1 Brett Whitaker، PhD 1 Hannah Browne 1 Magdalena Medrzycki، PhD 1 Patricia Shewmaker، PhD 1 Jennifer Folster، PhD 1 Bettina Bankamp، PhD 1 Michael D. Bowen، PhD 1 Natalie J. Thornburg، PhD 1 Kimberly Goffard، MBA 10 براندي ليمباغو ، دكتوراه 1 ألين بيتمان ، دكتوراه 7 ، 11 جاكلين إي تيت ، دكتوراه 1 دوغلاس جيرين 10 هانا إل كيركينج ، دكتوراه في الطب 1 رايان ويستيرجارد ، دكتوراه في الطب ، دكتوراه 3 ، 4 ماري كيلربي ، VetMB 1 CDC COVID-19 Surge Laboratory مجموعة (عرض انتسابات المؤلف)

ملخص

ما هو معروف بالفعل عن هذا الموضوع؟

تعتبر اختبارات المستضد لـ SARS-CoV-2 غير مكلفة ويمكن أن تعود بالنتائج في غضون 15 دقيقة ، لكن بيانات أداء الاختبار في الأشخاص الذين لا يعانون من أعراض أو أعراض محدودة.

ما يضاف من هذا التقرير؟

مقارنةً بالنسخ العكسي في الوقت الفعلي واختبار تفاعل ndashpolymerase المتسلسل (RT-PCR) ، كان اختبار مستضد صوفيا لديه حساسية 80.0٪ وخصوصية 98.9٪ بين الأشخاص الذين يعانون من أعراض كانت دقة أقل (حساسية 41.2٪ ونوعية 98.4٪) عند استخدامها للفحص. من الأشخاص الذين لا تظهر عليهم أعراض.

ما هي الآثار المترتبة على ممارسة الصحة العامة؟

لمراعاة انخفاض دقة اختبار المستضد ، ينبغي النظر في الاختبار التأكيدي باستخدام اختبار تضخيم الحمض النووي (على سبيل المثال ، RT-PCR) بعد نتائج اختبار المستضد السلبية في الأشخاص الذين تظهر عليهم الأعراض ونتائج اختبار المستضد الإيجابية في الأشخاص الذين لا تظهر عليهم أعراض.

قياس الارتفاع:
اقتباسات:
الآراء:

المشاهدات تساوي مشاهدات الصفحة بالإضافة إلى تنزيلات PDF

الاختبارات المستندة إلى المستضد لـ SARS-CoV-2 ، الفيروس المسبب لمرض فيروس كورونا 2019 (COVID-19) ، غير مكلفة ويمكن أن تعود بالنتائج في غضون 15 دقيقة (1). تلقت اختبارات المستضد ترخيصًا من إدارة الغذاء والدواء (FDA) للاستخدام في حالات الطوارئ (EUA) للاستخدام في الأشخاص الذين لا يعانون من أعراض أو أعراض خلال أول 5 أيام بعد ظهور الأعراض (2). تم استخدام هذه الاختبارات في الكليات والجامعات الأمريكية وغيرها من أماكن التجمعات (مثل دور رعاية المسنين والإصلاحيات ومراكز الاحتجاز) ، حيث قد يسهل الاختبار التسلسلي للأشخاص الذين لا تظهر عليهم أعراض تحديد الحالة مبكرًا (3& -5). ومع ذلك ، فإن بيانات أداء الاختبار من الأشخاص الذين يعانون من الأعراض وغير المصحوبين بأعراض محدودة. قيم هذا التحقيق أداء المقايسة المناعية الفلورية لمضاد السارس في صوفيا (FIA) (شركة Quidel Corporation) مقارنة بالنسخ العكسي في الوقت الفعلي وتفاعل سلسلة ndashpolymerase (RT-PCR) للكشف عن SARS-CoV-2 بين الأشخاص الذين لا يعانون من أعراض أو أعراض في جامعتين في ولاية ويسكونسن. خلال 28 سبتمبر و ndash أكتوبر 9 ، تم اختبار ما مجموعه 1098 مسحة أنف مقترنة باستخدام صوفيا SARS Antigen FIA و RT-PCR في الوقت الحقيقي. تمت محاولة زرع الفيروس على جميع عينات RT-PCR و ndashpositive إيجابية المستضد أو في الوقت الحقيقي. من بين 871 (79٪) مسحة مقترنة من المشاركين بدون أعراض ، كانت حساسية اختبار المستضد 41.2٪ ، وكانت النوعية 98.4٪ ، وفي هذه الفئة كانت القيمة التنبؤية الإيجابية المقدرة (PPV) 33.3٪ ، والقيمة التنبؤية السلبية (NPV) كانت 98.8 ٪. تم تحسين أداء اختبار المستضد بين 227 (21٪) مسحات مقترنة من المشاركين الذين أبلغوا عن واحد أو أكثر من الأعراض عند جمع العينات (الحساسية = 80.0٪ النوعية = 98.9٪ PPV = 94.1٪ NPV = 95.9٪). تم عزل الفيروس من 34 عينة (46.6٪) من 73 عينة من عينات مسحة الأنف الموجبة للمستضد أو RT-PCR و ndashpositive ، بما في ذلك اثنتان من 18 عينة كانت سلبية للمستضد و RT-PCR في الوقت الحقيقي و ndashpositive (سلبيات كاذبة). قد تسمح مزايا اختبارات المستضد مثل التكلفة المنخفضة والتحول السريع بالتعرف السريع على الأشخاص المصابين. ومع ذلك ، يجب موازنة هذه المزايا مقابل الحساسية المنخفضة وانخفاض PPV ، خاصة بين الأشخاص الذين لا تظهر عليهم أعراض. يجب النظر في الاختبار التأكيدي باستخدام اختبار تضخيم الحمض النووي (NAAT) المرخص من قِبل إدارة الغذاء والدواء ، مثل RT-PCR ، بعد نتائج اختبار المستضد السلبية في الأشخاص الذين تظهر عليهم الأعراض ، وبعد نتائج اختبار المستضد الإيجابية في الأشخاص الذين لا يعانون من أعراض (1).

تم جمع مسحات الأنف المزدوجة من الطلاب وأعضاء هيئة التدريس والموظفين والشركات التابعة الأخرى والخنجر في حرمين جامعيين في ويسكونسن خلال برامج الاختبار الجامعية. في الجامعة أ ، كان جميع الأشخاص الذين تم اختبارهم (فحص أو تشخيص) في مركز الاختبارات بالجامعة خلال 1 أكتوبر و ndash9 مؤهلين للمشاركة. في الجامعة ب ، يمكن فقط للطلاب الذين تم عزلهم خلال 28 سبتمبر وندش 6 أكتوبر بعد التعرض للأشخاص المصابين بـ COVID-19 المشاركة.

أكمل جميع المشاركين استبيانًا وقدموا معلومات عن الخصائص الديموغرافية ، والأعراض الحالية والماضية (14 يومًا) ، والطائفة والتعرض الأخير والفقرة للأشخاص المصابين بـ COVID-19. لكل مشارك ، تم جمع مسحتين من الأنف في منتصف المحارة بواسطة موظفي الرعاية الصحية في الجامعة A وتم جمعها ذاتيًا تحت إشراف الجامعة B. تم أخذ عينات من كلا الخياشيم مع كل من المسحتين. تم تحليل مسحات اختبار المستضد وفقًا لتعليمات الشركة المصنعة و rsquos. ** تم تخزين المسحات الخاصة بـ RT-PCR في الوقت الفعلي في وسائط نقل فيروسية عند 39 درجة فهرنهايت (4 درجة مئوية) وتم تحليلها خلال 24 ساعة و 72 ساعة من التجميع. في الجامعة A ، تم إجراء RT-PCR في الوقت الفعلي باستخدام لوحة التشخيص RT-PCR في الوقت الحقيقي CDC 2019-nCoV (6) ، مع قيم عتبة الدورة (Ct) المبلغ عنها لمناطق جينات البروتين النووي الفيروسي N1 و N2. في الجامعة B ، تم إجراء RT-PCR في الوقت الفعلي باستخدام TaqPath COVID-19 Combo Kit (Thermo Fisher Scientific). الثقافة الفيروسية والخنجر والخنجر (7) على عينات RT-PCR المتبقية إذا كانت نتيجة اختبار RT-PCR أو المستضد إيجابية.

تم إجراء التحليلات الإحصائية باستخدام Stata (الإصدار 16.1 StataCorp). تم حساب الحساسية والنوعية و PPV و NPV لاختبار المستضد مقارنة بنتائج RT-PCR في الوقت الفعلي. تم حساب خمسة وتسعين في المائة من فترات الثقة (CIs) باستخدام الطريقة الدقيقة ذات الحدين ، واستخدمت اختبارات t لمقارنات قيمة Ct واعتبرت قيم المقطع والجزء p & lt0.05 ذات دلالة إحصائية. تمت مراجعة هذا التحقيق من قبل CDC وتم إجراؤه بما يتوافق مع القانون الفيدرالي المعمول به وسياسة CDC. & الفقرة والشبهات ، حددت مجالس المراجعة الأخلاقية في الجامعتين أن النشاط هو مراقبة الصحة العامة غير البحثية (2).

تسليط الضوء على البداية من بين ما مجموعه 1،105 زوجًا من مسحات الأنف المقدمة ، تم استبعاد سبعة (0.6 ٪) من تسليط الضوء على النهاية لوجود مستضد غير حاسم أو نتائج RT-PCR في الوقت الفعلي. تم إجراء مقارنات الاختبار على 1098 مسحة أنف مقترنة (2196 مسحة إجمالية) ، بما في ذلك 1051 زوجًا (95.7٪) من الجامعة أ و 47 زوجًا (4.3٪) من الجامعة ب (الجدول 1). من بين 1،098 زوجًا تم تقييمها ، تم تقديم 994 (90.5٪) من قبل طلاب تتراوح أعمارهم بين 17 عامًا و 53 عامًا (الوسيط = 19 عامًا) ، 82 (7.5٪) من قبل أعضاء هيئة التدريس بالجامعة أو أعضاء هيئة التدريس الذين تتراوح أعمارهم بين 22 عامًا و 63 عامًا (الوسيط = 38 عامًا) ، و 22 (2.0) ٪) من قبل الشركات التابعة للجامعة الأخرى الذين تتراوح أعمارهم بين 15 و ndash64 سنة (الوسيط = 29 سنة). شارك 57 شخصًا أكثر من مرة في أيام اختبار مختلفة. بشكل عام ، كان 453 (41.3 ٪) من المشاركين من الذكور ، و 917 (83.5 ٪) كانوا من البيض غير اللاتينيين. في جمع العينات ، أبلغ 227 (20.7٪) مشاركًا عن تعرضهم لواحد أو أكثر من أعراض COVID-19 ، ولم يبلغ 871 (79.3٪) عن أي أعراض.

من بين 227 عينة مقترنة من المشاركين الذين ظهرت عليهم الأعراض ، كانت 34 (15.0٪) إيجابية للمستضد ، و 40 (17.6٪) كانت إيجابية RT-PCR في الوقت الحقيقي. كان الفاصل الزمني الوسيط من بداية الأعراض إلى جمع العينات 3 أيام (النطاق الرباعي = 1 & ndash6 أيام 7.5 ٪ مفقود). من بين المشاركين الذين ظهرت عليهم الأعراض ، كانت حساسية اختبار المستضد 80.0٪ (32 من 40) ، كانت النوعية 98.9٪ (185 من 187) ، PPV كانت 94.1٪ (32 من 34) ، و NPV 95.9٪ (185 من 193) (الجدول 2) . بالنسبة للعينات التي تم جمعها في غضون 5 أيام من ظهور الأعراض المبلغ عنها (72.4٪ 152 من 210) ، كانت الحساسية 74.2٪ (23 من 31) ، وكانت النوعية 99.2٪ (120 من 121).

من بين 871 عينة مقترنة من المشاركين بدون أعراض ، كانت 21 (2.4 ٪) إيجابية للمستضد و 17 (2.0 ٪) كانت إيجابية RT-PCR في الوقت الحقيقي. كانت حساسية اختبار المستضد 41.2٪ (سبعة من 17) ، كانت النوعية 98.4٪ (840 من 854) ، PPV كانت 33.3٪ (سبعة من 21) ، و NPV كانت 98.8٪ (840 من 850). لم يكن أداء الاختبار مختلفًا بشكل كبير (p & gt0.05) عند استبعاد 53 (6.1 ٪) من 871 مشاركًا كانوا بدون أعراض في وقت الاختبار ولكنهم أبلغوا عن واحد أو أكثر من الأعراض في الأيام الأربعة عشر السابقة.

ستة عشر مسحة مقترنة كانت إيجابية للمستضد وفي الوقت الحقيقي RT-PCR و ndashnegative (أي إيجابية كاذبة) ، بما في ذلك 14 (66.7٪) من 21 نتيجة مستضد إيجابية من المشاركين بدون أعراض واثنان (5.9٪) من 34 من المشاركين أعراض. تم تسجيل ثمانية من أصل 16 نتيجة إيجابية كاذبة خلال فترة ساعة واحدة في الجامعة أ. في هذه الحالة ، لوحظت سلسلة من النتائج الإيجابية المتتالية في الأشخاص الذين لم تظهر عليهم أعراض ، وقدم المحققون اختبار مستضد متكرر للمشاركين المصابين. تم إعادة رعاية ستة من ثمانية مشاركين في غضون ساعة واحدة ، وتلقى الستة جميعًا نتائج اختبار سلبية في اختبار المستضد الثاني. كانت جميع المسحات المزدوجة الثمانية الأولية من هؤلاء المشاركين سلبية على RT-PCR في الوقت الفعلي. نظرًا لعدم إمكانية تحديد أخطاء المستخدم ، تم تضمين النتائج الإيجابية الخاطئة في التحليل. تم الحصول على ثمانية عشر نتيجة اختبار مستضد سلبية كاذبة ، بما في ذلك 10 (58.8٪) من 17 اختبار RT-PCR في الوقت الحقيقي واختبار إيجابي من المشاركين بدون أعراض ، وثمانية (20.0٪) من 40 من المشاركين الذين يعانون من الأعراض. كانت جميع النتائج السلبية الكاذبة من المشاركين الذين ظهرت عليهم الأعراض من العينات التي تم جمعها وبعد 5 أيام من ظهور الأعراض (الوسيط = 2 أيام). كانت قيم Ct للعينات ذات نتائج مستضد سلبية كاذبة أعلى بشكل ملحوظ مقارنة بالعينات الإيجابية لـ RT-PCR في الوقت الحقيقي والمستضد (يعني N1 Ct = 32.3 مقابل 23.7 p & lt0.01) (الشكل).

تم استرداد الفيروس من 34 (46.6٪) من 73 عينة إيجابية ، بما في ذلك 32 (82.1٪) من 39 عينة مع نتائج إيجابية متوافقة واثنتان (11.1٪) من 18 مع نتائج مستضد سلبية كاذبة ولم يتم استرداد أي فيروس من 16 عينة ذات نتائج خاطئة - نتائج اختبار المستضد الإيجابي. كانت العيّنتان اللتان كانت لهما نتائج مستضد سلبية كاذبة إيجابية الزرع مأخوذة من مشاركين مصابين بالأعراض كانا قد جمعت عينات في اليوم الثاني واليوم الرابع بعد ظهور الأعراض.


أساليب

الإعداد والمرضى والعينات السريرية

في مقاطعة ألبرتا ، كندا (عدد السكان 4.4 مليون نسمة) ، تم إجراء اختبار SARS-CoV-2 حصريًا في مختبر الصحة العامة بالمقاطعة للمرضى الذين تظهر عليهم الأعراض خلال الأشهر الأربعة الأولى من الوباء [15،16،17]. تم تأكيد الحالة الأولى في 5 آذار 2020 [18]. تم استخلاص نتائج الاختبارات والتركيبة السكانية للمريض من نظام المعلومات المخبري لتحديد المرضى بين 21 يناير و 18 أبريل 2020 ، مع نتيجة سلبية أولية لـ SARS-CoV-2 متبوعة بنتيجة إيجابية عند تكرار الاختبار في غضون 14 يومًا (فترة حضانة واحدة) يُعرَّف هنا على أنه نتائج اختبار متعارضة [11].

تضمنت العينات المقبولة لاختبار SARS-CoV-2 البلعوم الأنفي (NP) ، والبلعوم الفموي (OP) ، ومسحات المحارة الأنفية العميقة ، والرشاشات الرغامية ، وغسيل القصبات الهوائية (انظر الملف الإضافي 1: الجدول S1). تم التحقق من صحة جميع مجموعات المجموعات داخليًا قبل استخدامها.

الكشف عن SARS-CoV-2 RNA

تم إجراء استخراج الحمض النووي على واحدة من عدة منصات (انظر الملف الإضافي 1: الجدول S1). تم استخدام LDT rtRT-PCR الذي يستهدف المغلف (E) وجينات RNA-polymerase (RdRp) المعتمدة على RNA للكشف عن SARS-CoV-2 RNA [19]. تم تكرار العينات ذات قيم عتبة الدورة (Ct) ودورة gt 35 في نسختين واعتبرت إيجابية إذا كان ≥ 2 من النتائج الثلاثة لها منحنى تضخيم. تم استخدام غير صالح للإشارة إلى عينات بها أخطاء تشغيل PCR مثل فشل الجهاز أو التحكم الداخلي. تم نشر معلمات الفحص والمقارنة مع المقايسات الأخرى المستخدمة في جميع أنحاء كندا [19 ، 20].

تمت إعادة اختبار العينات السلبية من مجموعات العينات غير المتوافقة بواسطة rtRT-PCR من أجل SARS-CoV-2 لتقييم FNs. تم تنفيذ ذلك عن طريق استخراج الحمض النووي من العينة الأصلية متبوعًا باختبار باستخدام فحوصات تستهدف ثلاثة جينات مختلفة: الجين E (باستخدام هدف الجين E فقط من اختبار LDT بتنسيق مفرد) وأجزاء N1 / N2 من الجين nucleocapsid (انظر الملف الإضافي 1: الجدول S1) [21]. أظهر تقييم مقايسة CDC N1 / N2 مقارنةً بـ LDT موافقة إيجابية بنسبة 94 ٪ (95 ٪ CI 87.7-100 ٪) واتفاقًا سلبيًا بنسبة 100 ٪ (انظر الملف الإضافي 2: الجدول S2).

تم استرجاع العينات غير المتوافقة من التخزين عند -70 درجة مئوية وخضعت لدورة تجميد - ذوبان واحدة. تم افتراض أن العينات التي تم اختبارها إيجابية كانت إيجابية حقيقية (بناءً على دراسة التحقق من اختبار اختبار LDT الذي يوضح الخصوصية التحليلية بنسبة 100٪) [19]. تم اعتبار العينة السلبية لتكون FN إذا أسفر الاختبار المتكرر عن نتيجة إيجابية لـ ≥ 2 من ثلاثة أهداف جينية (الجين E و / أو N1 و / أو N2).

تقييم جودة المسحة المتعارضة

تم اختبار جميع مجموعات المسحات التي تم تحديدها على أنها غير متوافقة لوجود ريبونوكلياز بشري P (RNAse P) باستخدام مقايسة RT-PCR (انظر الملف الإضافي 1: الجدول S1) [21].

تحليل احصائي

تم إجراء مقارنة إحصائية للمتغيرات البارامترية باستخدام اختبارات t المستقلة والمتغيرات غير المعلمية باستخدام اختبار تصنيف Wilcoxon المتطابق للأزواج. أجريت تحليلات البيانات في برنامج Stata 14.2 (Statacorp LP ، 2015 ، كوليج ستيشن ، الولايات المتحدة الأمريكية).


ليس من السهل جمع عينات جيدة

يعتقد معظم الخبراء أن مشاكل جمع العينات هي السبب الرئيسي وراء الاختبار غير الدقيق. من المحتمل أن تحدث نتائج سلبية كاذبة لأن مقدمي الرعاية الصحية لا يجمعون عينات تحتوي على ما يكفي من الفيروس لاكتشاف الاختبارات.

يمكن أن يحدث هذا لأن شخصًا ما لا يُدخل مسحة بعمق كافٍ في الأنف أو لا يجمع ما يكفي من العينة. يمكن أن تحدث السلبيات الكاذبة إذا تم اختبار الشخص مبكرًا أو متأخرًا جدًا أثناء الإصابة ولم يكن هناك الكثير من الفيروسات في خلاياهم. وأخيرًا ، يمكن أن تحدث الأخطاء إذا بقيت العينة لفترة طويلة جدًا قبل اختبارها ، مما يسمح للحمض النووي الريبي الفيروسي بالتحلل.

هذا الخطر المرتفع نسبيًا من السلبيات الكاذبة هو سبب عدم اعتماد الأطباء فقط على الاختبار لتحديد ما إذا كان الشخص مصابًا بفيروس كورونا. إذا ظهر على الشخص أعراض كلاسيكية لـ COVID-19 وكان في منطقة ينتشر فيها المرض ، فغالبًا ما يقوم الأطباء بتشخيص الشخص المصاب بالمرض على الرغم من الاختبار السلبي.


بناءً على هذا التحليل ، فإن المعدل السلبي الكاذب لـ SARS-CoV-2 RT-PCR مرتفع بشكل صادم ، حتى عند أدنى مستوياته في اليوم الثامن بعد التعرض ، أو بعد 3 أيام من الأعراض. في أفضل حالاته ، سيختبر واحد من كل خمسة أشخاص يشتبه في إصابتهم بـ COVID-19 سلبيًا. إذا كان الشك السريري مرتفعًا ، فلا ينبغي استبعاد الإصابة على أساس RT-PCR وحده. نظرًا لأهمية الاختبار لكل من الصحة الفردية والعامة ولتوجيه السياسة ، يجب أن يؤدي التباين العالي والأداء الضعيف للاختبار إلى توقف كل من مقدمي الرعاية الصحية وصانعي السياسات على حد سواء. المبادرات الرئيسية للمعاهد الوطنية للصحة والصناعة جارية لتسريع تطوير وتوافر اختبارات تشخيصية جديدة لـ COVID-19.

الكلمات الدالة: فيروس كورونا، كوفيد -19 ، الاختبارات التشخيصية ، الروتينية ، ردود الفعل السلبية الكاذبة الوقاية الأولية، الصحة العامة، تفاعل البوليميراز المتسلسل العكسي ، فيروس سارس ، فيروس كورونا المتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة 2


تقدير احتمال الاختبار السلبي الكاذب لـ SARS-CoV-2 بواسطة RT-PCR

أسلوب الاقتباس من هذا المقال: Wikramaratna Paul S، Paton Robert S، Ghafari Mahan، Lourenço José. تقدير احتمال الاختبار السلبي الكاذب لـ SARS-CoV-2 بواسطة RT-PCR. مسح اليورو. 202025 (50): pii = 2000568. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.50.2000568 الاستلام: 13 أبريل 2020 القبول: 12 أغسطس 2020

الملخص

تُستخدم فحوصات PCR (RT-PCR) للنسخ العكسي لاختبار الإصابة بفيروس SARS-CoV-2. تعتبر اختبارات RT-PCR محددة للغاية واحتمالية النتائج الإيجابية الكاذبة منخفضة ، لكن السلبيات الكاذبة ممكنة اعتمادًا على نوع المسحة والوقت منذ ظهور الأعراض.

لتحديد كيف يتأثر احتمال الحصول على اختبار سلبي كاذب في المرضى المصابين بالوقت منذ ظهور الأعراض ونوع المسحة.

استخدمنا نماذج مختلطة مضافة معممة لتحليل البيانات المتاحة للجمهور من المرضى الذين تلقوا عدة اختبارات RT-PCR وتم تحديدهم على أنهم إيجابيون لـ SARS-CoV-2 مرة واحدة على الأقل.

انخفض احتمال الاختبار الإيجابي مع مرور الوقت منذ ظهور الأعراض ، حيث تقل احتمالية أن تسفر عينات البلعوم الفموي (OP) عن نتيجة إيجابية من عينات البلعوم الأنفي (NP). تم تقليل احتمال تحديد شخص غير مصاب بشكل غير صحيح بسبب اختبار سلبي كاذب بشكل كبير إذا تم تكرار الاختبارات السلبية بعد 24 ساعة. بالنسبة إلى احتمالية اختبار إيجابية كاذبة صغيرة (& lt0.5٪) ، كان العدد الحقيقي للأفراد المصابين أكبر من عدد الاختبارات الإيجابية. للحصول على احتمالية أعلى للاختبار الإيجابي الخاطئ ، كان العدد الحقيقي للأفراد المصابين أقل من عدد الاختبارات الإيجابية.

عينات NP أكثر حساسية من عينات OP. كلما تم اختبار الشخص المصاب لاحقًا بعد ظهور الأعراض ، قل احتمال اختباره إيجابيًا. وهذا له آثار على تحديد المرضى المصابين ، وتتبع الاتصال ، وتسريح المرضى المتعافين الذين يحتمل أن يكونوا معديين.


تحذر إدارة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA) من السلبيات الكاذبة من خلال اختبار COVID-19 العلاجي

/> نبهت إدارة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA) أمس مقدمي الرعاية الصحية والمرضى إلى وجود خطر حدوث نتائج خاطئة مع اختبار SARS-CoV-2 العلاجي.

يُصرح بمقايسة SARS-CoV-2 العلاجية للاستخدام بوصفة طبية فقط كاختبار RT-PCR في الوقت الفعلي يُستخدم للكشف عن الفيروس المسبب لـ COVID-19. يحلل الاختبار مسحات الحلق ومسحات البلعوم الأنفي ومسحات الأنف و / أو عينات السوائل الفموية من شخص يشتبه في إصابته بـ COVID-19 من قبل مقدم الرعاية الصحية ، وفقًا لإصدار إدارة الغذاء والدواء الأمريكية.

بموجب ترخيص الاستخدام الطارئ من إدارة الغذاء والدواء (EUA) ، تتم معالجة العينة التي تم جمعها من أجل مقايسة SARS-CoV-2 العلاجية في مختبر KorvaLabs قبل إرجاع النتائج إلى المريض.

وفقًا لإدارة الغذاء والدواء ، فإن خطر النتائج الخاطئة ، وخاصة النتائج السلبية الكاذبة ، يمكن أن يؤدي إلى تأخير العلاج أو نقص العلاج بشكل عام ، فضلاً عن عدم مراقبة الأفراد المصابين وأسرهم أو غيرهم من المخالطين ، مما يؤدي إلى خطر انتشار المزيد من COVID-19.

يتم توجيه مقدمي الرعاية الصحية والمرضى الذين قد يتأثرون من قبل إدارة الغذاء والدواء للنظر في إعادة الاختبار باستخدام اختبار مختلف إذا كانوا يشتبهون في أن نتيجة غير دقيقة تم تقديمها مؤخرًا من خلال اختبار SARS-CoV-2 العلاجي.


الاختبارات السلبية الكاذبة لعدوى SARS-CoV-2 - التحديات والتداعيات

هناك إجماع واسع على أن اختبار SARS-CoV-2 على نطاق واسع ضروري لإعادة فتح الولايات المتحدة بأمان. كان مصدر القلق الكبير هو توفر الاختبار ، لكن دقة الاختبار قد تثبت أنها مشكلة أكبر على المدى الطويل.

بينما ركز الجدل على دقة اختبارات الأجسام المضادة ، التي تحدد العدوى السابقة ، فإن الاختبارات التشخيصية ، التي تحدد العدوى الحالية ، حظيت باهتمام أقل. لكن الاختبارات التشخيصية غير الدقيقة تقوض الجهود المبذولة لاحتواء الوباء.

يمكن أن تكون الاختبارات التشخيصية (التي تتضمن عادةً مسحة بلعومية) غير دقيقة من ناحيتين. تؤدي النتيجة الإيجابية الخاطئة إلى تصنيف شخص مصاب بشكل خاطئ ، مع وجود عواقب تشمل الحجر الصحي غير الضروري وتعقب الاتصال. النتائج السلبية الكاذبة لها أهمية أكبر ، لأن الأشخاص المصابين - الذين قد لا تظهر عليهم أعراض - قد لا يتم عزلهم ويمكن أن ينقلوا العدوى للآخرين.

نظرًا للحاجة إلى معرفة مدى نجاح الاختبارات التشخيصية في استبعاد العدوى ، فمن المهم مراجعة تقييم دقة الاختبار من قبل إدارة الغذاء والدواء (FDA) والباحثين السريريين ، بالإضافة إلى تفسير نتائج الاختبارات في حالة حدوث جائحة.

منحت إدارة الغذاء والدواء (FDA) تصاريح الاستخدام في حالات الطوارئ (EUAs) لمصنعي الاختبارات التجارية وأصدرت إرشادات حول التحقق من صحة الاختبار. 1 تتطلب الوكالة قياس أداء الاختبارات التحليلية والسريرية. تشير الحساسية التحليلية إلى احتمال أن يكون الاختبار إيجابيًا للمواد التي تحتوي على أي سلالات فيروسية وأقل تركيز يمكن للاختبار اكتشافه. تشير الخصوصية التحليلية إلى احتمالية أن يكون الاختبار سلبيًا للمواد التي تحتوي على مسببات الأمراض غير الفيروس المستهدف.

التقييمات السريرية ، تقييم أداء الاختبار على عينات المرضى ، تختلف بين الشركات المصنعة. تفضل إدارة الغذاء والدواء استخدام "العينات السريرية الطبيعية" ولكنها سمحت باستخدام "العينات المفتعلة" المنتجة عن طريق إضافة الحمض النووي الريبي الفيروسي أو الفيروس المعطل إلى بقايا المواد السريرية. عادة ، تستلزم دراسات أداء الاختبار إخضاع المرضى لاختبار مؤشر واختبار "معيار مرجعي" يحدد حالتهم الحقيقية. الحساسية السريرية هي نسبة اختبارات المؤشر الإيجابية في المرضى الذين يعانون في الواقع من المرض المعني. قد تختلف الحساسية وقياسها باختلاف الإعداد السريري. بالنسبة لشخص مريض ، من المرجح أن يكون الاختبار المعياري المرجعي تشخيصًا سريريًا ، يتم إنشاؤه بشكل مثالي من قبل لجنة قضائية مستقلة لا يكون أعضاؤها على دراية بنتائج اختبار الفهرس. بالنسبة لـ SARS-CoV-2 ، ليس من الواضح ما إذا تم تقييم حساسية أي اختبار تجاري مصرح به من قِبل إدارة الأغذية والعقاقير بهذه الطريقة. بموجب اتفاقيات EUAs ، تسمح إدارة الأغذية والعقاقير (FDA) للشركات بإثبات أداء الاختبار السريري من خلال إنشاء اتفاقية الاختبار الجديدة مع اختبار النسخ العكسي - البوليميراز المتسلسل المرخص به (RT-PCR) في مادة إيجابية معروفة من الأشخاص الذين يعانون من أعراض أو عينات مفتعلة. قد يؤدي استخدام عينات معروفة إيجابية أو مفتعلة إلى المبالغة في تقدير حساسية الاختبار ، لأن المسحات قد تفقد المواد المصابة في الممارسة العملية. 1

يعد تصميم معيار مرجعي لقياس حساسية اختبارات SARS-CoV-2 في الأشخاص الذين لا يعانون من أعراض مشكلة لم يتم حلها وتحتاج إلى اهتمام عاجل لزيادة الثقة في نتائج الاختبار لأغراض تتبع الاتصال أو الفحص. قد يكون مجرد متابعة الأشخاص للتطور اللاحق للأعراض غير كافٍ ، لأنهم قد يظلون بدون أعراض ومع ذلك يكونون معديين. لم يتم الإبلاغ عن تقييم الحساسية السريرية لدى الأشخاص الذين لا يعانون من أعراض لأي اختبار تجاري اعتبارًا من 1 يونيو 2020.

اثارت دراستان من ووهان ، الصين ، مخاوف بشأن اختبارات RT-PCR السلبية الكاذبة في المرضى الذين يعانون من مرض كوفيد -19 الظاهر. في نسخة أولية ، يانغ وآخرون. وصف 213 مريضاً تم نقلهم إلى المستشفى مصابين بـ Covid-19 ، من بينهم 37 حالة حرجة. 2 قاموا بجمع 205 مسحة من الحلق ، و 490 مسحة من الأنف ، و 142 عينة من البلغم (متوسط ​​، 3 لكل مريض) واستخدموا اختبار RT-PCR المعتمد من قبل المنظم الصيني. في الأيام من 1 إلى 7 بعد ظهور المرض ، اعتبرت 11٪ من البلغم و 27٪ من الأنف و 40٪ من عينات الحلق سلبية كاذبة. تشاو وآخرون. درس 173 مريضاً في المستشفى يعانون من أعراض تنفسية حادة و CT الصدر "نموذجي" لـ Covid-19 ، أو SARS-CoV-2 المكتشفة في عينة تنفسية واحدة على الأقل. لوحظ انقلاب مصلي في الجسم المضاد في 93٪. 3 كان اختبار RT-PCR لعينات الجهاز التنفسي المأخوذة في الأيام 1 إلى 7 من الاستشفاء إيجابيًا لـ SARS-CoV-2 في عينة واحدة على الأقل من 67 ٪ من المرضى. لم تذكر أي من الدراستين استخدام لجنة مستقلة ، غير مدركة لنتائج اختبار الفهرس ، لتأسيس تشخيص نهائي لمرض كوفيد -19 ، والذي ربما يكون قد دفع الباحثين نحو المبالغة في تقدير الحساسية.

في مراجعة منهجية ما قبل الطباعة لخمس دراسات (لا تشمل دراسات يانغ وتشاو) ، والتي شملت 957 مريضًا ("تحت الاشتباه في الإصابة بفيروس Covid-19" أو مع "حالات مؤكدة") ، تراوحت النتائج السلبية الكاذبة من 2 إلى 29٪. 4 ومع ذلك ، اعتبر اليقين من الأدلة منخفضًا جدًا بسبب عدم تجانس تقديرات الحساسية بين الدراسات ، ونقص التعمية لنتائج اختبار الفهرس في تحديد التشخيصات ، والفشل في الإبلاغ عن خصائص RT-PCR الرئيسية. 4 بشكل عام ، الأدلة ، على الرغم من محدوديتها ، تثير القلق بشأن نتائج RT-PCR السلبية الخاطئة المتكررة.

إذا كانت الاختبارات التشخيصية لـ SARS-CoV-2 مثالية ، فإن الاختبار الإيجابي يعني أن شخصًا ما يحمل الفيروس والاختبار السلبي الذي لا يحمله. مع الاختبارات غير الكاملة ، تعني النتيجة السلبية فقط أن الشخص أقل عرضة للإصابة. لحساب مدى احتمالية ذلك ، يمكن للمرء استخدام نظرية بايز ، التي تتضمن معلومات حول كل من الشخص ودقة الاختبار (تمت مراجعته مؤخرًا 5). بالنسبة للاختبار السلبي ، هناك مدخلين رئيسيين: احتمالية الاختبار القبلي - تقدير ، قبل الاختبار ، لفرصة إصابة الشخص بالعدوى - واختبار الحساسية. قد يعتمد الاحتمال الأولي على انتشار Covid-19 المحلي وتاريخ التعرض لـ SARS-CoV-2 والأعراض. من الناحية المثالية ، يمكن قياس الحساسية السريرية وخصوصية كل اختبار في مواقف الحياة الواقعية المختلفة ذات الصلة سريريًا (على سبيل المثال ، مصادر العينات المتنوعة ، والتوقيت ، وشدة المرض).

افترض أن اختبار RT-PCR كان محددًا تمامًا (سلبيًا دائمًا في الأشخاص غير المصابين بـ SARS-CoV-2) وأن الاحتمال الأولي لشخص ، على سبيل المثال ، كان يشعر بالمرض بعد الاتصال الوثيق بشخص مصاب بـ Covid-19 كان 20٪ . إذا كانت حساسية الاختبار 95٪ (95٪ من المصابين كانت نتيجة اختبارهم إيجابية) ، فإن احتمالية الإصابة بعد الاختبار باختبار سلبي ستكون 1٪ ، وهو ما قد يكون منخفضًا بما يكفي لاعتبار شخص غير مصاب وقد يوفر لهم الثقة في زيارة عالية. - أقارب خطر. سيظل احتمال ما بعد الاختبار أقل من 5٪ حتى لو كان احتمال الاختبار المسبق مرتفعًا مثل 50٪ ، وهو تقدير أكثر منطقية لشخص تعرض مؤخرًا وأعراض مبكرة في منطقة "بقعة ساخنة".

لكن يبدو أن الحساسية للعديد من الاختبارات المتاحة أقل بكثير: تشير الدراسات المذكورة أعلاه إلى أن 70٪ ربما يكون تقديرًا معقولًا. عند هذا المستوى من الحساسية ، مع احتمال الاختبار المسبق بنسبة 50٪ ، فإن احتمال ما بعد الاختبار باختبار سلبي سيكون 23٪ - وهي نسبة عالية جدًا بحيث لا يمكن الافتراض بأمان أن شخصًا ما غير مصاب.

فرصة الإصابة بعدوى SARS-CoV-2 ، بالنظر إلى نتيجة اختبار سلبية ، وفقًا لاحتمال الاختبار الأولي.

يمثل الخط الأزرق اختبارًا بحساسية 70٪ وخصوصية 95٪. يمثل الخط الأخضر اختبارًا بحساسية 90٪ وخصوصية 95٪. التظليل هو الحد الأدنى لاعتبار الشخص غير مصاب (مؤكدة بنسبة 5٪). يشير السهم أ إلى أنه مع اختبار الحساسية المنخفضة ، لا يمكن الوصول إلى هذه العتبة إذا تجاوز احتمال الاختبار القبلي حوالي 15٪. يشير السهم B إلى أنه بالنسبة لاختبار الحساسية العالية ، يمكن الوصول إلى الحد الأدنى إلى احتمال اختبار قبلي يبلغ حوالي 33٪. نسخة تفاعلية من هذا الرسم البياني متاحة في NEJM.org.

يوضح الرسم البياني كيف يختلف احتمال العدوى بعد الاختبار مع احتمال الاختبار القبلي للاختبارات ذات الحساسية المنخفضة (70٪) والعالية (95٪). يشير الخط الأفقي إلى عتبة احتمالية يكون من المعقول دونها التصرف كما لو كان الشخص غير مصاب (على سبيل المثال ، السماح للشخص بزيارة جدة مسنة). حيث يجب تعيين هذا الحد - هنا ، 5٪ - هو حكم قيمي وسيختلف حسب السياق (على سبيل المثال ، أقل للأشخاص الذين يزورون قريبًا شديد الخطورة). يسلط الحد الأدنى الضوء على سبب الحاجة إلى اختبارات تشخيصية شديدة الحساسية. مع وجود نتيجة سلبية في اختبار الحساسية المنخفضة ، يتم تجاوز الحد الأدنى عندما يتجاوز احتمال الاختبار القبلي 15٪ ، ولكن مع اختبار حساسية عالية ، يمكن للمرء أن يكون لديه احتمال اختبار قبلي يصل إلى 33٪ ولا يزال ، بافتراض حد 5٪ ، تعتبر آمنة لتكون على اتصال مع الآخرين.

The graph also highlights why efforts to reduce pretest probability (e.g., by social distancing, possibly wearing masks) matter. If the pretest probability gets too high (above 50%, for example), testing loses its value because negative results cannot lower the probability of infection enough to reach the threshold.

We draw several conclusions. First, diagnostic testing will help in safely opening the country, but only if the tests are highly sensitive and validated under realistic conditions against a clinically meaningful reference standard. Second, the FDA should ensure that manufacturers provide details of tests’ clinical sensitivity and specificity at the time of market authorization tests without such information will have less relevance to patient care.

Third, measuring test sensitivity in asymptomatic people is an urgent priority. It will also be important to develop methods (e.g., prediction rules) for estimating the pretest probability of infection (for asymptomatic and symptomatic people) to allow calculation of post-test probabilities after positive or negative results. Fourth, negative results even on a highly sensitive test cannot rule out infection if the pretest probability is high, so clinicians should not trust unexpected negative results (i.e., assume a negative result is a “false negative” in a person with typical symptoms and known exposure). It’s possible that performing several simultaneous or repeated tests could overcome an individual test’s limited sensitivity however, such strategies need validation.

Finally, thresholds for ruling out infection need to be developed for a variety of clinical situations. Since defining these thresholds is a value judgement, public input will be crucial.


Beware of false negatives in diagnostic testing of COVID-19

One of the most commonly used diagnostic tools, particularly during this pandemic, is the reverse transcriptase polymerase chain reaction test (RT-PCR), which uses a person's respiratory sample to detect viral particles and determine if the person may have been exposed to a virus.

Laboratory professionals across the U.S. and the globe have used RT-PCR to find out if a person has been infected with SARS-CoV-2, the virus that causes COVID-19. These tests have played a critical role in our nation's response to the pandemic. But, while they are important, researchers at Johns Hopkins have found that the chance of a false negative result -- when a virus is not detected in a person who actually is, or recently has been, infected -- is greater than 1 in 5 and, at times, far higher. The researchers caution that the predictive value of these tests may not always yield accurate results, and timing of the test seems to matter greatly in the accuracy.

In the report on the findings published May 13 in the journal Annals of Internal Medicine, the researchers found that the probability of a false negative result decreases from 100% on Day 1 of being infected to 67% on Day 4. The false negative rate decreased to 20% on Day 8 (three days after a person begins experiencing symptoms). They also found that on the day a person started experiencing actual symptoms of illness, the average false negative rate was 38%. In addition, the false negative rate began to increase again from 21% on Day 9 to 66% on Day 21.

The study, which analyzed seven previously published studies on RT-PCR performance, adds to evidence that caution should be used in the interpretation of negative test results, particularly for individuals likely to have been exposed or who have symptoms consistent with COVID-19.


Other Diagnostic Tools

The authors of the Johns Hopkins report aren't the only scientists emphasizing that different diagnostic measures should be used to supplement RT‐PCR tests. Researchers from Wuhan, China, for example, suggest the use of CT scans to both help diagnose COVID-19 and monitor a patient's progress.

According to El Kholy, blood tests that check for indications of inflammation—including C-reactive protein, creatine phosphokinase, D-Dimer, and lactate dehydrogenase—would be useful and simple additions to the diagnostic process.

Other experts recommend taking samples from a patient’s lower respiratory tract, rather than relying solely on the upper respiratory tract samples typically used in RT-PCR tests.

“Despite these findings, we still encourage the use of RT‐PCR tests because they’re important for testing, tracing, and curbing the rates of COVID-19,” Rashwan says. “It’s just important to be cognizant of the limitations of them and employ other diagnostic measures.”

The information in this article is current as of the date listed, which means newer information may be available when you read this. For the most recent updates on COVID-19, visit our coronavirus news page.


شاهد الفيديو: Смертельная игромания. Мизулина хочет запретить Игру в кальмара (قد 2022).