معلومة

مقارنات كمية لأشجار النشوء والتطور

مقارنات كمية لأشجار النشوء والتطور


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

أنا أعمل على تحليل واسع للتطور النسبي للبروتينات المشاركة في عملية خلوية معينة. لقد قمت ببناء شجرة نسج لكل بروتين. أنا الآن أعمل على مقارنة تلك الأشجار من أجل استخراج الفئات (على سبيل المثال ، الأليل أ من البروتين أ يحدث بشكل متكرر مع الأليل ب من البروتين ب ، إلخ). لقد حاولت بناء شجرة خارقة باستخدام العشيرة ، ولكن من الصعب للغاية تفسير الشجرة. لذلك أود إجراء مقارنة كمية (وتصنيف لاحق) لكل شجرة ، لكن ليس من الواضح بالنسبة لي كيف أبدأ هذا التحليل. هل هناك طريقة معيارية للمقارنة بين أشجار النشوء والتطور؟


لا أعرف ما إذا كان هذا هو بالضبط ما تحتاجه ، ولكن هناك خوارزميات رسمية لمقارنة الشجرة.

هناك طريقتان أساسيتان: أحدهما يستخدم أطوال الأشجار (مسافة نقاط الفرع) والآخر يتعامل مع الطوبولوجيا فقط (متري الفرق المتماثل): يمكن العثور على التفاصيل والمراجع في الدليل إلى treedist من حزمة phylip ، والتي تنفذ كليهما .

يحتوي PAUP * على أمر بنفس الاسم (treedist) ، والذي يحسب مقياس الفرق المتماثل فقط. هذا المقياس بديهي للغاية: فهو يصف العدد الإجمالي للأقسام (= الانقسامات) الموجودة فقط على إحدى الشجرتين.