معلومة

هل تستخدم جميع عمليات محاذاة التسلسل المتعددة خوارزميات محاذاة عامة؟

هل تستخدم جميع عمليات محاذاة التسلسل المتعددة خوارزميات محاذاة عامة؟



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

عادةً ما تتم محاذاة التسلسل المتعددة بين التسلسلات ذات الطول المماثل ، والتي تشبه أفضل محاذاة عامة. ومع ذلك ، لست متأكدًا على الإطلاق من الخلفية الحسابية في مثل هذه الحالة. هل هي في الأساس محاذاة عامة أو محلية عندما يقوم المرء بمحاذاة تسلسل متعدد؟


من الخطر التعميم ، لأن برامج محاذاة التسلسل المتعدد (MSA) قد تستخدم خوارزميات مختلفة. ومع ذلك ، نظرًا لأن الهدف هو محاذاة العديد من التسلسلات على طولها بالكامل ، وجميع برامج MSA التي أعلم أنها تقدم النتائج على هذا النحو ، فمن الصعب تصور أي شيء آخر غير المحاذاة العالمية نمنم.

بالنسبة إلى Clustal W و X على نطاق واسع ، هذا هو الحال بالتأكيد. يستخدم Clustal خوارزمية محاذاة تقدمية تتضمن الافتراض الإرشادي بأن أكثر التسلسلات المحاذاة عن طريق المحاذاة الزوجية هي أساس صالح للترتيب الذي يتم به تنفيذ المحاذاة المتعددة التقدمية. تستخدم المحاذاة الزوجية الأولية (التي تُستخدم لإنتاج شجرة دليل) محاذاة عمومية ديناميكية ، كما تفعل كل خطوة من خطوات المحاذاة التدريجية ، على الرغم من أن هذه المحاذاة تتعلق بملف تعريف التسلسل المحاذي مسبقًا ، وتستخدم الدرجات المعتمدة على السياق.

توجد مقالة موسعة في ويكيبيديا عن MSA وواحدة من أوراق Clustal الأصلية متاحة مجانًا على الإنترنت. الكتاب الممتاز لدربين وآخرون.، تحليل التسلسل البيولوجي ، يحتوي على فصل حول الموضوع.


تعد محاذاة التسلسل المتعدد مهمة معقدة للغاية وهناك العديد من الأساليب اعتمادًا على ما تبحث عنه.

قد تجد المحاذاة العالمية أقرب منطقة بشكل عام. ومع ذلك ، فهي مشكلة معروفة في الأطوال. إذا كانت أطوال التسلسلات مختلفة جدًا ، فقد يؤدي ذلك إلى إنشاء محاذاة سيئة.

تبحث المحاذاة المحلية عن أفضل المناطق المطابقة على طول التسلسلات.

من المعروف أن بعض المناطق الجينومية تميل إلى تراكم طفرات أكثر من غيرها. لهذا تم اقتراح فكرة المجالات. الفكرة الرئيسية وراء (ولجعلها أبسط) هي إجراء عدة محاذاة محلية من أجل الحصول على المحاذاة المثلى لمناطق مختلفة من تسلسلاتك.

هناك العديد من الخوارزميات التي نفذت طرقًا مختلفة جدًا للقيام بذلك: من المحاذاة الزوجية إلى ملفات تعريف HMM.

أود أن أوصي بقراءة هذا المقال.


تمامًا كما قال جيمس ، فإن هذه الشروط ليست حصرية بشكل متبادل.
تصريحك غير صحيح:

عادة ما يتم إجراء محاذاة تسلسلية متعددة بين متواليات ذات طول مماثل

يعتمد الأمر حقًا على ما تريد تحقيقه باستخدام MSA (محاذاة متعددة التسلسلات). أولاً ، بعض الشرح الموجز حول المحاذاة المحلية والعالمية (تم وصف الفرق بين الاثنين سابقًا في هذا السؤال):
الانتماء المحلي: محاولة مطابقة جزء من تسلسل اهتماماتك مع تسلسل آخر، يمكن أن يتم ذلك باستخدام MSA فكر في BLAST. باستخدام BLAST ، فأنت تقوم بإجراء محاذاة تسلسل محلي مع جميع التسلسلات في قاعدة البيانات. عند استخدام هذه المحاذاة المحلية ، فإنك تركز على الأجزاء التي تتداخل بين التسلسل الخاص بك مع تلك الموجودة في قاعدة البيانات -> دليل حول المجالات ، على سبيل المثال
global alginemnt: مطابقة التسلسل بأكمله مع متوالية أخرى ، والتي لا يجب أن تكون متساوية في الحجم. عند استخدام محاذاة عامة مع تسلسلات ذات أطوال مختلفة ، على سبيل المثال ما سيحدث هو أنه اعتمادًا على الخوارزمية المستخدمة (Needleman-Wunsch) ، ستكون هناك فجوات يتم إدخالها لمطابقة تلك التسلسلات على طول الطول.
بعض الأمثلة العملية عند استخدام المحاذاة:

  • عمل ملامح لمجموعة من البروتينات -> محاذاة عالمية
  • تفاعل في البروتينات المتماثلة -> في معظم الأوقات تستخدم محاذاة التسلسل المحلي خاصة عندما تعرف أن المتماثلات بعيدة تمامًا ، لذلك لا يوجد تشابه كبير في التسلسل.
  • البحث عن البروتينات التي يمكن أن يكون لها وظيفة مشابهة -> المحاذاة المحلية ، ستمنحك BLAST البروتينات التي لها نفس المجالات على سبيل المثال أو نفس البنية عند تفجير قاعدة بيانات PDB ، والتي يمكن أن تعطيك أدلة رئيسية حول وظيفة البروتين المطلوب.

لاحظ أن هذه الاقتراحات ليست سوى بعض الأمثلة ، ويفضل البعض خيارًا آخر.


شاهد الفيديو: محاذاة التتابع Sequence Alignment (أغسطس 2022).